ちょっと設定を探してみても変更方法が見あたらなかったのでそのままにしていましたが、cogenの日記さんのエントリーを見て変換をやめさせられることを発見。

あちこちクリックして探してみると、やっと設定するところを見つけました。

「同期」画面にある接続したMP3プレーヤーの「プロパティと設定を表示します」と出るボタンをクリックするとプロパティの画面に入れます。ここの「品質」タブに「このデバイスで必要なファイル形式に変換する（推奨）」というチェックボックスがあるので、このチェックを外せば変換は行われなくなります。

もうちょっとわかりやすいインターフェイスにしてくれれば良いのに、マイクロソフトさん。