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入門vi 第6版のvimの章によると、vimの起動時の初期化作業は13段階に分かれているそうです。その第一段階が環境変数SHELLとTERMのセットで、MS-DOSとWin32では環境変数SHELLを設定していない場合はCOMSPECの値がshellにセットされるようです。

cygwinのために環境変数SHELLをbash.exeにし、かつgvimではcmd.exeをshellに使いたいので、

if has(”win32″) set shell=$ComSpec set shellcmdflag=/c endif

を”.gvimrc”に書き込めばいいようです。